YÖK, İstanbul’da Osmanlı döneminden kalan vakıf arazisinde üniversite kurmak için çalışma başlatırken söz konusu arazinin gecekondular tarafından işgal edildiği ortaya çıktı.
YÖK, yenimodel kapsamında, Vakıflar Genel Müdürlüğü’ne bağlı ve bugün herhangi bir yönetimi olmayan Osmanlı döneminden kalan vakıflar arasında araştırma yaptı. İnceleme kapsamında mal varlığı değeri 20 milyonu geçen toplam 2 bin vakıf tespit edildi. Söz konusu vakıfların mal varlığı durumuna göre bir araya getirilerek üniversite kurulmasına ilişkin öneri Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından da onaylanınca, 3 vakıf bir araya getirilerek İstanbul’a bir üniversite kurulmasına ilişkin çalışma başlatıldı. Kurulacak vakıf üniversitesi için İstanbul’da bulunan Bezmi Âlem Valide Sultan Vakfı, Silahtar Ağa Vakfı ve 2. Abdülhamit Vakfı’nın bir araya getirilmesi sağlandı.
Silahtar Ağa Vakfı’nın olduğu gerekçesiyle Okmeydanı TEM bağlantı yolunun kenarındaki 334 dönümlük arazi üniversite yerleşkesinin inşaatı için ayrıldı. Arazinin ve hastanenin intifa hakkının kurulacak vakıf üniversitesine devredilmesine karar verildi. Ancak boş olduğu sanılan İstanbul’un göbeğindeki E-5 ve TEM yollarının kesiştiği yerdeki arazinin 20 dönümlük bölümünün gecekondular tarafından işgal edildiği belirlendi. Binaların yerleşke inşaası sırasında yıkılması gündeme geldi.