Lastik tekerli araçlar için Boğaz'a yapılacak ikinci tünelin derinliğinde değişikliğe gidiliyor. Daha önce, Marmaray örnek alınarak denizin altında 60 metre olarak hesaplanan tünelin derinliğinin, yapılan sondaj çalışmaları neticesinde 80 metreye kadar çıkabileceği ortaya çıktı. Aradaki derinlik farkı, maliyeti 225 milyon dolar daha yükseltecek. Oysa, ihaleyi kazanan firma proje maliyetini 1 milyar 75 milyon dolar olarak hesaplamıştı. 225 milyon dolarlık ek artışla, maliyet 1,3 milyar dolara yükselmiş oldu.
'İstanbul Boğazı Karayolu Tüp Geçiş Projesi'nin temeli kısa bir süre önce (26 Şubat 2011) Başbakan Recep Tayyip Erdoğan tarafından atıldı. Başbakan, temel atma töreninde, yüklenici firma ile pazarlık yaparak projenin 4,5 yıl olan tamamlanma süresini 3,5 yıla indirdi. Ancak ortaya çıkan yeni durum; 25 yıl 11 ay 9 gün olan işletme süresinin uzamasına sebep olacak.
Ulaştırma Bakanlığı kaynakları, beklenmedik bu durum karşısında teknik incelemelerin sürdüğünü belirterek, "Ayrıntıların ortaya çıkmasından sonra, gerekirse işletme süresi maliyet artışını karşılayacak biçimde uzatılır. Böylece sorun ortadan kaldırılır. Ancak inşa süresini bu durum ne kadar etkiler, onun için şimdiden bir şey söylemek mümkün değil." ifadesini kullandı.