Çanakkale Boğazı'na yapılacak köprü için belirlenen 'Sarıçay-Kilitbahir' güzergahı, 'Sütlüce-Şekerkaya (Lapseki)' olarak değiştirildi. Çanakkale savaşlarının meydana geldiği tarihi yarımadayı korumayı amaçlayan bu karar, Ulaştırma Bakanı Binali Yıldırım'ın talebi üzerine alındı. Zira köprü için daha önce belirlenen Kilitbahir (Avrupa Yakası)-Sarıçay (Anadolu Yakası) güzergahı, 1915 yılında Türk ordusunun dünyaya meydan okuduğu Gelibolu Yarımadası'nın tam ortasından geçiyordu.
Güzergahın değişmesi, köprünün boyunu 200 metre daha uzattı. Daha önce Sarıçay-Kilitbahir güzergahına yapılması beklenen köprünün uzunluğu 1.400 metre iken, yenisi 1.600 metre olacak. Böylece, Çanakkale'ye yapılacak köprü, dünyanın en uzun 4'üncü asma köprüsü olacak. Köprünün direklerden sonraki bölümleriyle birlikte toplam uzunluğu 2 bin 800 metreye ulaşacak. Bağlantı yollarının da eklenmesiyle köprü projesinin toplam uzunluğu 3 bin 860 metreye çıkacak. 3 gidiş 3 geliş olmak üzere toplam 6 şerit olarak inşa edilecek köprü, Tekirdağ-Çanakkale-Balıkesir Otoyol Projesi'nin en önemli parçasını oluşturuyor. Maliyeti yaklaşık 5 milyar dolar olarak tespit edilen otoyol projesi içinde yer alacak Çanakkale Köprüsü'nün maliyetinin 1 milyar dolar civarında olması bekleniyor. Karayolu araçlarının geçeceği köprü için Ulaştırma Bakanlığı, köprüden demiryolu araçlarının geçebileceği alternatif bir proje daha hazırlattı. Bu konudaki nihai karar ise ihale aşamasında verilecek.
Çanakkale Köprüsü, Tekirdağ-Çanakkale-Balıkesir Otoyolu Projesi'yle birlikte yap-işlet-devret modeliyle ihale edilecek. Otoyol, TEM Otoyolu Kınalı Kavşağı'ndan başlayarak Tekirdağ'dan geçip Çanakkale'nin Gelibolu ilçesinin 7,5 kilometre güneyindeki Sütlüce köyünden Çanakkale Boğazı'na ulaşacak. Avrupa yakasında Sütlüce'den başlayacak köprü, Asya yakasında Çanakkale'nin Lapseki ilçesinin 2,5 kilometre güneyindeki Şekerkaya mevkiinden Anadolu'ya geçecek. Köprünün güzergahının değişmesiyle Tekirdağ-Çanakkale-Balıkesir Otoyol Projesi'nin Çanakkale-Balıkesir bölümünün yeri de yeniden belirlendi. Daha önce Çanakkale şehir merkezinden geçmesi planlanan otoyol, şehre girmeden Lapseki-Çan-Yenice-İvrindi güzergahını izleyerek Balıkesir'in güneyinden İstanbul-İzmir otoyoluna bağlanacak.
İstanbul'un trafik problemine çözümün de parçası olan Tekirdağ-Çanakkale-Balıkesir Otoyolu Projesi, Avrupa'dan gelerek Ege ve Akdeniz'e gidecek trafiğin Çanakkale üzerinden geçmesini sağlayacak.