19'uncu yüzyıl endüstri mimarisinin örneklerinden biri kabul edilen Unkapanı Değirmeni, hurdacı ve definecilerin hedefi oldu. Fatih İlçe Emniyet Müdürlüğü'ne Unkapanı Değirmeni'nin duvarlarından demirleri çıkarıp, hurda olarak satmak isteyen iki kişi olduğu ihbarı geldi. Hemen harekete geçen ekipler, işlevini kaybetmiş haldeki değirmene gittiklerinde fırın ile bacaların duvarlarını kaplayan dökme demir parçaları çıkarmak için betonu balyozla kırmaya çalışan 2 kişiyi suçüstü yakalandı.
DHA’da yer alan habere göre; fırının duvarlarını çevreleyen, sıcaklığa dayanıklı dökme demir parçaları kırdıktan sonra çantalara koymak istedikleri belirlenen 2 şüpheli, gözaltına alınarak polis merkezine götürüldü. Bölgede yapılan araştırmada ise bazı duvarların da balyoz darbeleri ile kırıldığı anlaşıldı. Şüphelilerin değirmene duvarda açtıkları delikten girdikleri belirlendi.
Çevre esnafı, tarihi yapının içerisinde define arayanlar olduğunu da öne sürdü.
Sanat Tarihçisi Süleyman Faruk Göncüoğlu, "Dünya gıda tarihi ve dünya mekanik tarihi içerisinde çok önemli bir noktadır burası. Döneminin en teknolojik yapısıydı burası. Roma döneminden beri bütün Akdeniz Havzası'nın tahıl ihtiyacını karşılayan bir yerdi. Osmanlı'da bu geleneği devam ettirdi o yüzden burasının ismi Unkapanı'dır. Bütün tahıl buraya gelirdi, buradan tekrardan Akdeniz Havzası'na gönderilirdi. Un konusunda dünyanın tekeli burasıydı. Buğdayın arpanın çavdarın fiyatlandırması buradan olurdu. Dört tarafı harabe olan bu fabrika o dönemin şartlar içerisinde en modern şekilde tekrardan hayata geçirildi. Osmanlı Ordusu'nun bütün un ihtiyacını karşılayan bir fabrikaya dönüştü, ürettiği un piyasadaki un fiyatlarını belirlediği gibi Osmanlı piyasasının işlenmiş un ihtiyacını karşılardı." diye konuştu.
Geçmişte 'Beylik Değirmeni' olarak da bilinen Unkapanı Değirmeni, daha sonra Belediye Değirmeni olarak adlandırıldı. 1940'ta şahsa devredilen değirmen, 1946'da çıkan yangında kısmen hasar gördü.