Ulaştırma Bakanlığı'nın ''Asrın Projesi'' olarak tanımladığı Marmaray'ın (İstanbul Demiryolu Tüp Geçişi ve Banliyö Hatları) tüp geçitten sonra ikinci etabını oluşturan 63 kilometrelik Haydarpaşa-Gebze ile Sirkeci-Halkalı banliyö hatları ihalesi beşinci kez ertelendi. 1 milyar dolar tutarındaki uluslararası ihalede altıncı tarih 15 Şubat 2006 olarak belirlenirken, Marmaray'ın tamamlanması 2011'e kaldı.
Projenin en önemli ikinci ayağını oluşturan banliyö hatlarının yeniden yapılması için ''8 Ekim 2004''te ön yeterlilik duyurusu yapıldı. Ulaştırma Bakanlığı Demiryolları, Limanlar ve Havameydanları (DLH) İnşaat Genel Müdürlüğü, ön yeterlilik belgelerinin teslimatı için ''22 Aralık 2004'' tarihini duyurdu. Bakanlık bu tarihi daha sonra 24 Ocak 2005'e erteledi. Bu tarihe kadar ihale için sekiz konsorsiyum başvurdu, bakanlık ihaleye girecek beş konsorsiyumu belirledi. Gruplar mali tekliflerini sunmak üzere ''24 Haziran 2005'' tarihinde davet edildi. Bu davette konsorsiyumlardan ''4 Ekim 2005'' tarihine kadar tekliflerini sunmaları istendi.
Bu sırada konsorsiyumlardan biri ihaleden çekildi. DLH, elediği konsorsiyumlardan birini ihaleye dahil etti. Bu nedenle bakanlık, yeni konsorsiyumun orijinal ihale sürecinden daha az bir süreye sahip olmaması gerekçesiyle ilk ertelemeyi gerçekleştirdi. ''7 Kasım 2005'' e ertelenen ihale daha sonra ''28 Kasım 2005'' e ertelendi. Bu tarihe yaklaşıldığında ise ihale 2006'ya kaldı. ''16 Ocak 2006'' da yapılması beklenen ihale ilk önce ''30 Ocak 2006'' ya sonra da ''15 Şubat 2006'' ya ertelendi. Birinci erteleme dışında beşinci ertelemeye kadar herhangi bir gerekçe gösterilmemesi dikkat çekiyor.
Finansmanı Avrupa Yatırım Bankası kaynaklarından karşılanması öngörülen banliyö hatlarının inşaatına 14 Aralık 2007 tarihinde başlanması ve inşaatın iki yıl sürmesi planlanıyordu. 2010'da da yeni hat üzerinde altı ay deneme seferlerinin yapılması öngörülüyordu. İhale sürecinin gecikmesi nedeniyle Marmaray'ın tam anlamıyla hizmete girmesi 2011 yılını bulacak.
İhalede 5 konsorsiyum
Mitsubishi JV'nin ihaleden çekilmesinin ardından DLH, ön yeterlilik değerlendirmelerinde 6. en yüksek puanı alan Astaldi-Ansaldo JV'yi ihaleye davet etti.
-AMD Rail (Alstom - Marubeni - Doğuş)
-Bechtel Enka JV (Bechtel - Enka)
-Bombardier - Gama - Nurol JV (Bombardier - Gama - Nurol)
-EurasiaRay Group (Siemens AG - Siemens AŞ - Yapı Merkezi - Kiska)
Banliyö hatlarında 24 ay ulaşım yok
Haydarpaşa-Gebze ve Sirkeci-Halkalı banliyö hatları 14 Aralık 2007 tarihinden itibaren 24 ay süreyle tren işletmeciliğine kapatılacak. Bu durum, İstanbul trafiğini de iki yıl süreyle olumsuz etkileyecek. Her gün 110 bin banliyö yolcusu ile 21 bin İstanbul dışı tren yolcusu karayolu trafiğine dahil olacak. Trakya ve Anadolu'dan Halkalı ve Gebze'ye ulaşanlar, buradan servis araçlarıyla şehir merkezlerine taşınacak. Ayrıca inşaat çalışmaları yük taşımacılığını da etkileyecek. Daha önce demiryoluyla Haydarpaşa Limanı'na getirilen yükler bu süre zarfında Kocaeli Derince Limanı'na aktarılacak.