İstanbul Büyükşehir Belediyesi'nin hazırladığı Tarihi Yarımada Koruma Amaçlı Nazım ve Uygulama İmar Planları kapsamında, 6 blok ve 1100 dükkândan oluşan İMÇ'nin yerine "prestij konutları" inşa edilmesine karar verildi. Ancak İMÇ Kat Malikleri Yönetim Kurulu'nun, projeyle ilgili İstanbul 1. İdare Mahkemesi'ne yaptığı itiraz haklı bulundu ve yürütmeyi durdurma kararı verildi. Karşı tarafın karara itirazı nedeniyle Danıştay 6. Dairesi'nde devam eden dava kapsamında,Yıldız Teknik Üniversitesi'nin öğretim üyelerinden oluşan bilirkişi heyeti 4 Haziran günü çarşıda inceleme yapacak.
Unkapanı'ndaki İMÇ Blokları'nın tarihi yarımada için hazırlanan imar planları kapsamındaki Süleymaniye ve Çevresini Güzelleştirme Projesi nedeniyle yıkılmak istenmesi üzerine İMÇ Kat Malikleri Yönetim Kurulu 2006 yılının Mart ayında İstanbul İdare Mahkemesi'ne başvurdu. Yönetim kurulu, çarşının iddia edildiği gibi köhne ve işlevini yitirmiş bir merkez olmadığı, 5 bin kişinin çalıştığı canlı bir çarşı olduğu gerekçeleri ile yürütmenin durdurulmasını istedi. İdare mahkemesi de kat maliklerini haklı bularak yürütmeyi durdurma kararı verdi.
İstanbul Büyükşehir Belediyesi ile Kültür ve Turizm Bakanlığı bu karara 8 Mayıs 2006'da bir üst mahkemede itiraz etti. Danıştay 6. Dairesi de itirazı değerlendirmek için bilirkişi raporu hazırlanmasına karar verdi. Bu karar doğrultusunda uzmanlardan oluşan bilirkişi heyeti 4 Haziran günü İMÇ'de incelemelerde bulunarak bir rapor hazırlayacak. Mimarlar Odası'nın Tarihi Yarımada Koruma Amaçlı Nazım ve Uygulama İmar Planları'na yaptığı itirazın İMÇ ile ilgili bölümünde çarşının olduğu gibi korunması gerektiğine dikkat çekildi.