Nikomedia döneminin akropolisi (yukarıda bulunan kenti) Bağçeşme’de yer alan Geç Roma ve Bizans dönemine ait nekropol (mezarlık) bölgesi yıllardır inşaat firmaları tarafından talan ediliyor. Birgün Gazetesi'nen Uğur Enç'in haberine göre, Müze Müdürlüğü, Anıtlar Kurulu ve belediyelerin denetimlerdeki eksiklerini fırsat bilen inşaat firmaları, yapılaşmaya açılan bölgelerde gece kazılarıyla tarihi mezarları çıkarıyor, temelini kazdıkları binalar için, sit alanı olması gereken arsaları tonlarca betona boğuyor.
Kocaeli’nin yaşadığı en büyük felaketlerden olan 1999 Marmara Depremi’nin ardından kayalık yapısıyla vatandaşların göz bebeği olan ve zengin yurttaşlar çekim merkezi haline gelen Bağçeşme’de yapılaşma göz açıp kapayıncaya kadar tamamlandı. 2003 yılında başlayan büyük sitelerin yapımı günümüze kadar sürdü.
Roma ve Bizans dönemlerine ait olduğu bilinen nekropol kalıntılarına son olarak Kent Konut tarafından inşa edilen Tuana Evleri inşa edildi. Çalışmaları büyük ölçüde tamamlanan Tuana Evleri’nin temel kazma çalışmaları sırasında birçok kalıntıya rastlanmış, konuyla ilgili Kocaeli Üniversitesi Arkeoloji Bölümü Öğretim Görevlisi Prof. Ayşe Çalık Ross kimi girişimlerde bulunmuş ancak dönemin İl Kültür Turizm Müdürü Adnan Zamburkan mezarlığın tahrip edilmediğini söyleyerek temel kazma çalışmalarının sürmesine izin vermişti.
Bölgedeki son tahribat Topçular Mahallesi Yazar Sokak’taki arsada yaşandı. Başlatılan çalışmalar kapsamında metrelerce derinlikte temel kazıldı.
Kent tarihçisi Yavuz Ulugün: “Bu alanda koruma kararını kim kaldırdı? Müze Müdürlüğü’nün kaldırma yetkisi var. Mezarlar olduğu gibi dururken böyle bir çalışmaya izin verilmesi mümkün değil. Yıllardır bu talana göz yumuluyor” dedi.