Radikal'den Ümit Çetin'in haberine göre, Vakıflar Genel Müdürü Dr. Adnan Ertem, önceki restorasyonlarda birçok hata yapıldığını ve caminin orijinal halinden çok uzaklaştırıldığını belirterek, “1964 yılında yapılan restorasyonda caminin iç kısmına daha çok cemaate yer açabilmek için kaçak bir kat çıkıldığını tespit ettik. Camiyi orijinal haline getirmek için bu katı yıktık” dedi.
Ortaköy Camii olarak bilinen Büyük Mecidiye Camii’nin, Türkiye ’nin en önemli simge eserlerinden biri olduğunu söyleyen Ertem şunları söyledi: “Restorasyon sırasında resmen iğne ile kuyu kazdık. Taşların üzerinde çimento harcıyla uygulamalar vardı. Çimento taşlara çok zarar vermiş. Bu betonlar tek tek sıyrılarak temizlendi. En önemli çalışmalarımızdan biri de çok az sayıda ustası bulunan ve sadece saraylarda kullanılan Şutuk uygulamasını camide kullanmamız oldu.” Klasik Osmanlı mimarisinden modern usule geçişin en önemli eserlerinden birisi olan camiye, 6 milyon lira harcanarak dış cephe konservasyonları ve minare onarımı yapıldı.