Adını taç kapısı üzerinde yükselen tuğla örgülü minarelerindeki firuze renkli çinilerden alan Gökmedrese’nin restorasyonu 4 yıldır tamamlanamadı. Buna gerekçe olarak ihaleyi alan firmanın maddi sıkıntıya girmesi gösterildi. Asıl skandal, daha sonra ortaya çıktı. Firmanın restorasyon sırasında dökülmüş çinilerin yerlerini mavi boya ile kapatmaya çalıştığı anlaşıldı.
Aynı dönem eseri olan Çifte Minareli Medrese’de de benzer bir kültür ve tarih kıyımı yaşandı. Yalnızca minareleri ile giriş kısmı günümüze ulaşan Çifte Minareli Medrese’nin minarelerindeki çinilerin yerleri, yine restorasyon ihalesini alan firma tarafından boyandı. Eserin bütününün kurtarılmış olmasının boyadan daha önemli olduğunu ifade eden sanat tarihi uzmanları, restorasyon çalışmalarında temel amacın yıkılmaya ve kaybolmaya yüz tutmuş eserlerin gelecek nesillere daha sağlam aktarılması olması gerektiğini de belirtti.