Karayolları Genel Müdürlüğü ile İstanbul Büyükşehir Belediyesi arasında 3. köprünün güzergahı konusunda yaşanan anlaşmazlık sonucu, fizibilite çalışmalarına yeniden başlandı.
İstanbul Büyükşehir Belediyesi ile Karayolları Genel Müdürlüğü'nün, İstanbul Boğazı'na yapılacak olan 3. Köprü'nün güzergahı konusunda görüş ayrılığına düşmesi, 3. Köprü'nün fizibilite çalışmalarının tekrar başlamasına neden oldu. Karayolları Genel Müdürlüğü'nün 2002 yılında hazırladığı, üçüncü köprü için belediye imar planlarında değişiklik yapılmasını öngören teklifin kabul edilmesiyle ipler koptu. Karayolları Genel Müdürlüğü'nün 3 yıl önce İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne sunduğu imar planında belirlediği Arnavutköy-Vaniköy güzergahından vazgeçmesine rağmen, bu plan Belediye Meclisi'nde onay buldu.
Köprü tartışmaları yeniden başlayınca Karayolları, bu kez Büyükşehir Belediyesi'ne 3. köprünün güzergahında değişiklik yaparak sundu. Karayollarının yeni güzergahı Fatih Sultan Mehmet köprüsünün kuzeyinden geçiyordu. Yeni güzergah üzerinde iki kurum arasında bir uzlaşmaya varılamadı ve bu güzergah belirleme çalışmalarının yeniden başlamasına neden oldu. 2006 yılında ihalesi yapılması düşünülen 3. köprü için Karayolları Genel Müdürlüğü, fiziblite çalışmalarını hızlandırdı.
3. köprünün gündeme geldiği tarihten bu güne kadar sayısız güzergah belirlendi. Karayolları Genel Müdürlüğü, en kuzeyde olması itibariyle Sarıköy- Anadolu Kavağı güzergahına sıcak bakıyordu. Karayolları'nın, son fiziblite çalışlalarında hangi güzergahı belirleyeceği merak konusu.