Cumhuriyet'in haberine göre, Mimarlar Odası, Şehir Plancıları Odası İstanbul Şubesi, Birleşik Taşımacılık Çalışanları Sendikası ve Liman-lş, 2012 yılında onaylanan planın iptali istemi ile İBB ile Kültür ve Turizm Bakanlığı'na dava açtı. İstanbul 5. İdare Mahkemesi'nde görülen davada 2013 yılının aralık ayında bilirkişi raporu hazırladı.
Raporda birçok yapılaşma fonksiyonu getirilen Haydarpaşa'nın İstanbul'un terası niteliğinde olduğu belirtilerek doğal afetler sonrasında toplanılacak yer açısından potansiyel oluşturduğuna da dikkat çekildi.
Bilirkişi raporundan sonra İBB Meclisi 13 Aralık 2013'te 1/5 bin ölçekli Haydarpaşa Gar, Kadıköy Meydanı ve Çevresel Koruma Amaçlı Nazım İmar Planı'nda tadilat yaptı. Planın özü aynen korunarak yeniden hazırlanan plan 7 Şubat'ta askıya çıktı. Plan 30 gün boyunca 7 Mart'a kadar askıda kalacak.
Altı otopark, üstü peron Yeni plana göre TCDD alanının çevresindeki "ticaret alanı" olarak belirlenen bölgede zemin altı otopark yapılabilecek.
Eski planda aktif yeşil alan olan Ibrahimağa Aktarma Merkezi'ndeki alanının altı otopark olarak düzenlenecekti. Yeni planda ise altı otopark olacak bu yeşil alan tamamen ortadan kaldırılarak "toplu taşıma peron alanı" fonksiyonu getirildi. Yeni planda da tarihi gar binasının kültür merkezi, sosyal tesis ve konaklama tesisi fonksiyonu değişmedi.
Mimarlar Odası Başkanı Eyüp Muhcu, yeni gibi sunulan plan yüzünden 2012 yılında açtıkları davanın kadük hale getirildiğini belirterek yeniden dava açacaklarını kaydetti. Muhcu, planda yapılan 2 değişiklik ile aktif yeşil alanlar azaltılırken yeni otopark alanlarıyla da araç yoğunluğunın artırıldığını vurguladı.