28 Kasım 2010 Pazar günü Haydarpaşa Garı’nın çatısında başlayan yangın 1.5 saat sürdü. Yangının izolasyon çalışması sırasında meydana gelen bir hata nedeniyle başladığı iddiası üzerinde duruluyordu. 30 Kasım 2010 tarihli Hürriyet Gazetesi’nin haberine göre ise bu ihtimale bir yenisi eklendi: Haydarpaşa Garı’ndaki yangının nedeni çatıdaki izolasyon çalışması değildi ve bu habere göre yangının başlama nedeninin patlayan su borusu olma ihtimali ağırlık kazandı. 01 Aralık 2010 Çarşamba günü NTV’de yayınlanan habere göre, olayla ilgili iki ayrı soruşturma yürütülüyor. Çatıdaki yangının çıkış nedenini Kadıköy Cumhuriyet Savcılığı'nın yanı sıra itfaiye ve TCDD bilirkişi heyeti ayrı ayrı soruşturuyor.
Haydarpaşa Garı’nın yanması ile ilişkili olarak ortaya çıkan tek belirsizlik yangının çıkış nedeni de değil. Haydarpaşa Garı’nın çatı kısmında bir süredir devam eden izolasyon çalışmasının kaçak olduğunu belirten Kadıköy Belediye Başkanı Selami Öztürk’e yanıt Ulaştırma Bakanı Binali Yıldırım’dan geldi. Yıldırım, yapının birinci grup koruma altında olduğunu, bu nedenle de iznin belediyeler tarafından değil, Tarihi ve Kültür Varlıklarını Koruma Kurulu tarafından verildiğini belirtti.
Öte yandan, Haydarpaşa Garı’nın yanması ise Gar ve çevresi için söz konusu olan dönüşüm projesini yeniden akıllara getirdi. Ulaştırma Bakanı Binali Yıldırım’ın, yapınan yanan kısımlarının orijinaline uygun olarak en kısa zamanda yeniden yapılacağına dair verdiği sözün ardından bir açıklama da Kültür ve Turizm Bakanı Ertuğrul Günay’dan geldi. Günay, Haydarpaşa Garı'ndaki yangının, eski yapının yerine yenisini yapmak için çıkarıldığı yönündeki spekülasyonlara yönelik olarak, ''Bugünkü yasal mevzuat karşısında çok şükür ki bu imkansız'' dedi.
Peki kamuoyunun bir kesimi ile bazı kurum ve kuruluşlar neden Haydarpaşa Garı’nda çıkan yangının kasıtlı olabileceğini düşünüyor? Cevap süphesiz, daha önce de sıklıkla gündeme gelen ‘Haydarpaşa Garı ve Liman Dönüşüm Projesi’ne işaret ediyor.