Haydarpaşa Garı 28 Kasım 2010 tarihinde çatısında çıkan ağır yangından dolayı çatısı çökmüş ve 4. katı kullanılamaz hale gelmişti. Koruma Kurulu kararı ile 1997 yılında 1. Grup korunması gerekli kültür varlığı olarak tescillenen yapının etrafı da 2006 yılında kentsel ve tarihi sit yapıldı. Yangın sonrası ortaya çıkan Haydarpaşa projesi büyük tartışmalara neden oldu. 2011 yılında 5 Numaralı Kültür Varlıkları Koruma Kurulu 1/5000 Ölçekli Koruma amaçlı Nazım İmar Planlarını onayladı. Planda tarihi Gar binası 'Kültürel tesis, turizm, konaklama' alanında kalmıştı. İşte bu durum tartışmaları alevlendirdi. Gar binası otel mi oluyordu?
Hem Ulaştırma Bakanlığı hem de planları onaylayan İstanbul 5 Nolu Koruma Kurulu otel yapımına izin verilmeyeceğini açıkladılar. Birleşik Taşımacılık Sendikası planların iptali için dava açtı. İstanbul 9. İdare Mahkemesi davayı reddetti. Kamuoyunda Haydarpaşa Gar Projesine iptal kararı olarak yansıyan İstanbul 2. İdare Mahkemesi'nde açılan davada ise mahkeme Koruma amaçlı nazım imar planının Fuar Alanı Fonksiyonuna ilişkin kısmını iptal etmişti. Açıkçası tarihi Gar binası hala otel olma riskini taşıyordu.
TCDD Haydarpaşa Garı'nın restorasyonu için ihaleye çıktı. Delta İnşaat 12 milyon 473 bin liraya 500 günde bitirmek üzere ihaleyi aldı. 27.12.2012 tarih 899 sayılı kararı ile Koruma Kurulu restorasyon projesini onayladı. Bu projeye göre, bodrum katın, tesisat ve idari birimler olarak; zemin katın, gara hizmet eden bekleme salonları, gişeler, kafeterya ve idari birimler olarak; asma kat, 1., 2. ve 3. katlarda idari birimler olarak; çatı katının da kulelerde kafeterya, garın kısa kolunda konferans salonu, orta aksta sergi alanı, uzun kolda da arşiv-çalışma salonu-kitaplık olarak fonksiyonlandırıldı.
Ancak restorasyona bir türlü başlanılamadı. Kadıköy Belediyesi inşaat ruhsatını vermedi. Kadıköy Belediye Başkanı Aykurt Nuhoğlu, "Yasal olarak plan süreçleri tamamlanmayan ve eski eser binaya ilave yapılaşma getiren restorasyon projesine onay vermemiz mümkün değildir" açıklaması yaptı.
Radikal'den Ömer Erbil'in haberine göre, bu açıklamadan bir hafta sonra İstanbul 5 Numaralı Koruma Kurulu şu kararı aldı; Söz konusu 12.09.2014 gün 2126 sayılı kararda "...Kurulumuzca uzun süren tetkikler ve yerinde inceleme toplantıları sonucu onaylanmış bulunan, Kurulumuzun 27.12.2012 gün 899 sayılı kontür ve gabari artışı getirmeyen restorasyon projelerinin ivedilikle uygulanmasına, İstanbul'un simge eserlerinden olan I. grup tescilli Haydarpaşa Gar Binası'nın mevcut haliyle ivedi restorasyona ihtiyacı bulunduğundan, restorasyon uygulaması gecikmesi ve bu sebeple yapının zarar görmesi halinde buna sebep olanların 2863 sayılı yasa kapsamında sorumlu olacağına" karar verildi.