Danıştay, İzmir Bergama’da siyanürle altın aranabileceğini ilişkin Bakanlar Kurulu’nun prensip kararını iptal etti. Koza Altın Madeni’nden yapılan açıklamada ise iptalin ‘prensip kararına’ yönelik olduğu, Bergama Ovacık’taki altın madeninin mevcut izinleriyle ilgisinin bulunmadığı öne sürüldü. Çevreciler ise AİHM’in ‘madenin kapatılması’ konusunda aldığı kararı da anımsatarak, madenin artık kapısına kilit vurulması gerektiği görüşünde.
Danıştay’ın Bakanlar Kurulu kararıyla ilgili aldığı iptal kararı, Ovacık Altın Madeni’yle ilgili tartışmaları yeniden alevlendirdi. 1989 yılında Eurogold şirketinin Enerji Bakanlığı’ndan ruhsat almasıyla başlayan süreçte, 1991’de ön işletme ruhsatı ve Orman Bakanlığı’ndan işletme izni de alındı.
1994’te 654 Bergamalı, İzmir 1. İdare Mahkemesi’ne açtıkları üç ayrı dava ile hukuki süreci başlattı.
1997 yılında, Danıştay, madene yönelik ilk karşı kararı aldı. Bu karara uyan idare mahkemesi de madenin işletme iznini durdurma kararı aldı. Ancak TÜBİTAK’tan madenin çevreye zarar vermeyecieği raporunu alan Eurogold, Başbakanlık’tan yeniden üretim izni aldı. Ancak Başbakanlık’ın iznine karşı tekrar dava açıldı ve İzmir I. İdare Mahkemesi, Başbakanlık kararını iptal etti.
Bunun üzerine 2002’de Ecevit başbakanlığındaki koalisyonun bakanlar kurulu, ülkenin ekonomik refahı için Bergama’da altın madeni işletmeye devam edilmesi kararını aldı. Aynı yıl İzmir Barosu, Bakanlar Kurulu prensip kararının iptali için Danıştay’da dava açtı. 2004’te Danıştay 6. Dairesi, Bakanlar Kurulu kararı hakkında yürütmeyi durdurma kararı verdi.
Ancak bu kez AKP hükümetinin Çevre ve Orman Bakanlığı, çevre etkisi değerlendirme yönetmeliğinde değişiklik yaparak altın madeninin çalışmasına olanak sağladı.
Bu arada gruplar halinde Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’ne başvuran Bergamalı köylüler, idarenin madeni kapatmama tutumuna karşı açtıkları davaları kazandı.
Danıştay’ın son kararı ise 2002’de Ecevit döneminde verilen Bakanlar Kurulu’nun iznini iptal etti. Koza Madencilik ise, bu kararın kendileri bağlamayacağı görüşünde. Şirket, Danıştay ve AİHM tarafından belirtilen eksikliklerin giderildiğini, il özel idaresinden alınan ruhsatla da üretimin sürdüğünü açıkladı.