Hasankeyf’i sular altında bırakacak Ilısu Barajı’na kredi sıkıntısından sonra bir engel de Danıştay’dan. Danıştay 6. Dairesi, Hasankeyf’te hangi eserlerin su altında bırakılacağı konusunda DSİ’ye verilen yetkiyi iptal etti. Dava, Arkeologlar Derneği, Türkiye Ekonomik ve Toplumsal Tarih Vakfı, TMMOB Mimarlar Odası, İzmir Turist Rehberleri Odası ve Çağdaş Hukukçular Derneği’nce açılmıştı. Danıştay 6. Dairesi ise kararında 27 Ekim 2006 tarihli ve 717 sayılı ilke kararını kısmen iptal etti.
Kararda, yasaya göre korunması gereken kültür ve tabiat varlıklarının bulunduğu alanlarda inşaat ve fiziki müdahale yapılamayacağı hatırlatıldı. Sözkonusu kültür ve tabiat varlıklarının ‘nasıl’ korunacağı konusunda da yetkinin koruma bölge kurullarına ait olduğu vurgulandı.
Ilısu’daysa bu yetki, ‘kısmen’ DSİ’ye devredilmişti. Baraj yapılması kaçınılmaz olan bölgeleri belirleyip koruma kuruluna bildirecek olan DSİ, böylece hangi eserlerin su altında kalacağını belirleme konusunda yetkili kılınmıştı.