Bursa Büyükşehir Belediye Başkanı Ak Partili Recep Altepe tarafından 2013 yılının Ocak ayında Mudanya-İstanbul Kabataş arasında kaşlıklı olarak başlatılan BUDO seferleri, Mudanya'da kullanılan hizmet binasının kaçak olduğu gerekçesiyle tehlikeye girdi. Mudanya'nın CHP'li Belediye Başkanı Hayri Türkyılmaz, "Mudanya iskelesi üzerindeki BUDO'ya ait deniz otobüsü terminal binasının ve çevresinin ruhsatlı olup olmadığını inceledik. Ruhsatının olmadığını tesbit ettik. Ruhsat alması için binayı yolcuların mağdur olmayacağı bir şekilde mühürleyeceğiz. Sonra kendilerine ruhsat işlemlerini tamamlaması için süre tanıyacağız. Yasal işlemlerini tamamlayıp bizden ruhsat alırlarsa sorun yok. Ama ruhsat alamazlarsa kaçağa asla izin vermeyiz. Binayı diğer kaçaklar gibi yıkarız" dedi.
Bursa Büyükşehir Belediyesi yetkilileri ise Mudanya Belediye Başkanı Hayri Türkyılmaz'ın yaptığı bu açıklama karşısında ilgili birimler ile konuşup konuyla ilgili olarak açıklama yapacaklarını söylediler.
Mudanya-İstanbul Kabataş'ın yanı sıra Yalova'nın Armutlu ilçesi ile yaz aylarında Avşa Adası'na sefer düzenleyen BUDO yılda bir milyondan fazla yolcu taşıyor.