Taş Medrese olarak da bilinen Afyon’daki 532 yıllık Gedik Ahmet Paşa Medresesi, müzeye dönüştürülmek için yapılan çalışmalarla rutubeti giderilemeyince, eski eserlerin depolanmasında kullanılmaya başlandı.
Afyon’da yaşanan depremlerde ayakta kalan tarihi medrese, Cumhuriyetin ilk yıllarında Afyon Asar-ı Atika Muhipleri Cemiyeti’nin çabalarıyla, resmi müze deposu haline getirildi.
1931 yılında müze deposu olan medreseye memur olarak atanan Süleyman Gönçer, resmi kuruluşların ve halkevinin de desteğiyle depoyu zenginleştirdi. Medrese, 1933’te Afyon Müze Müdürlüğü haline getirildi ve Süleyman Bey, müdür olarak atandı.
1933 yılından 1970 yılına kadar karma müze olarak hizmet veren Afyon Müzesi’nin, 1971’de Arkeoloji Müzesi’nin bulunduğu yeni binaya taşınmasıyla, Gedik Ahmet Paşa Medresesi etnografik özellikli taş eserlerin deposu olarak kullanılmaya başlandı.
Medrese, 1978 yılında başlatılan ve 1994 yılına kadar süren onarım, teşhir ve tanzim çalışmaları sonucu 1995’de Türk İslam Eserleri Müzesi olarak tekrar ziyarete açıldı. Ancak binadaki yoğun rutubet giderilemeyince, 1996’da “eserlere zarar vereceği endişesiyle” kapatıldı.